Еще одна информация для желающих осмыслить мою ситуацию. Все это происходит с одним проектом. В других аналогичных проектах - все в порядке. и метроном воспроизведения и метроном записи считают идеально связно с темпом. Сравнивал настройки проектов, всевозможные галки, все идентично. Кстати миди-метроном считает правильно в этом же проекте. Остается одно - создавать новый проект и переносить туда записанные дубли из папки аудио. Но, делая синхронизацию дорожек - поседееешь.